Thương mại là một trong những điểm mạnh về hợp tác của Việt Nam và Indonesia. Năm 2021, tổng kim ngạch xuất nhập khẩu giữa hai nước đạt hơn 11 tỷ USD. Trong 11 tháng năm 2022, tổng kim ngạch xuất nhập khẩu đạt hơn 12,8 tỷ USD. Hiện nay, Indonesia là một trong những thị trường nhập khẩu có tiềm năng rất lớn của Việt Nam tại khu vực ASEAN. Trong số các mặt hàng Việt Nam xuất khẩu sang Indonesia, nhóm hàng máy vi tính, sản phẩm điện tử và linh kiện là nhóm hàng đứng đầu về kim ngạch, bên cạnh đó còn có sản phẩm hàng dệt, may giày dép các loại nguyên phụ liệu dệt, may, da, giày sắt thép các loại...