Cục Thuế tỉnh hiện quản lý 443 cá nhân kinh doanh vận tải bộ với 443 phương tiện vận tải, chủ yếu là xe tải có tải trọng từ 1 - 2 tấn và 66 doanh nghiệp kinh doanh vận tải với 1.006 xe, trong đó 39 doanh nghiệp vận tải hành khách với 689 xe và 27 doanh nghiệp vận tải hàng hóa với 317 xe. Do tính chất đặc thù của hoạt động vận tải bộ là cơ động, vận tải hành khách có hiện tượng đón khách dọc đường không bán vé, hợp đồng vận tải chủ yếu là thỏa thuận giữa hai bên nên không xuất hóa đơn; một số cá nhân có kinh doanh vận tải bộ nhưng núp bóng các doanh nghiệp, HTX theo hình thức hợp tác kinh doanh nhưng không kê khai, nộp thuế... Chính vì vậy, việc quản lý doanh thu của các doanh nghiệp vận tải bộ trên địa bàn tỉnh còn gặp rất nhiều khó khăn. Bên cạnh đó, các doanh nghiệp kinh doanh vận tải trên địa bàn tỉnh kê khai lãi rất ít, thậm chí lỗ do hạch toán chi phí nhiên liệu lớn. Theo thống kê của ngành Thuế, trong tổng số 66 doanh nghiệp kinh doanh vận tải thì chỉ có 9 doanh nghiệp kê khai có lãi. Năm 2015, tổng thu ngân sách của các doanh nghiệp kinh doanh vận tải bộ do Cục Thuế tỉnh quản lý đạt 15,364 tỷ đồng, trong đó thuế môn bài 160 triệu đồng, thuế giá trị gia tăng 10,097 tỷ đồng, thuế thu nhập doanh nghiệp 5,075 tỷ đồng, thuế thu nhập cá nhân 32 triệu đồng.

Để góp phần chống gian lận thuế trong kinh doanh vận tải bộ, ngành Thuế đã tham mưu cho Ban Chỉ đạo thu ngân sách tỉnh ban hành kế hoạch khảo sát doanh thu, chi phí đối với các phương tiện kinh doanh vận tải bộ, trên cơ sở đó tạo cơ sở dữ liệu để đối chiếu, so sánh trong công tác thanh tra, kiểm tra thuế và đấu tranh chống gian lận về thuế đối với hoạt động kinh doanh vận tải bộ, bảo đảm công bằng trong đóng góp cho ngân sách nhà nước. Theo đó, Cục Thuế tỉnh phối hợp với Sở Giao thông Vận tải, Sở Tài chính và Công an tỉnh thống kê danh mục các loại phương tiện vận tải theo tải trọng, theo chỗ ngồi (giường nằm); khảo sát doanh thu tối thiểu của từng loại phương tiện có tại các đơn vị khảo sát theo danh mục; khảo sát chi phí tối đa tương ứng với doanh thu của từng loại xe có tại đơn vị khảo sát (gồm khấu hao phương tiện, chi phí tiêu hao nhiên liệu, tiền lương lái xe, phụ xe, phí và lệ phí đường, bến bãi, chi phí quản lý khác…). Tháng 2/2016, sau khi thành lập, Đoàn công tác đã tiến hành khảo sát doanh thu, chi phí đối với phương tiện kinh doanh vận tải bộ tại các đơn vị trên địa bàn tỉnh như: Công ty Cổ phần Hoàng Hà, Công ty Cổ phần Xe khách Thái Bình, Công ty Taxi Mai Linh, Công ty Vận tải Lam Sơn, Công ty Trường Hưng... Căn cứ kết quả khảo sát, số liệu ngành Thuế đang quản lý về doanh thu và chi phí, Đoàn công tác đã so sánh, lựa chọn ra doanh thu tối thiểu và chi phí tối đa của từng loại phương tiện vận tải trình Thường trực HĐND tỉnh và UBND tỉnh.

Ngày 23/9/2016, UBND tỉnh đã ban hành Quyết định số 2573/QĐ-UBND quy định doanh thu tối thiểu và tỷ lệ phần trăm chi phí tiêu hao nhiên liệu tối đa so với doanh thu của từng loại xe ô tô để làm căn cứ xác định số thuế phải nộp. Trên cơ sở Quyết định số 2573, từ ngày 1/10/2016, ngành Thuế sẽ kết hợp với hội đồng tư vấn thuế xã, phường, thị trấn tiến hành triển khai điều tra, hướng dẫn các hộ kinh doanh cá thể kê khai làm căn cứ lập bộ thuế năm 2017. Đối với các hộ cá thể nộp thuế khoán sẽ áp dụng Quyết định từ tháng 1/2017 và các đơn vị nộp thuế theo phương pháp kê khai sẽ áp dụng Quyết định từ kỳ tính thuế năm 2016.