Về mức phí, Nghị định quy định, mức phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô là 100.000 đồng/tấn; đối với khí thiên nhiên, khí than là 50 đồng/m³. Riêng khí thiên nhiên thu được trong quá trình khai thác dầu thô (khí đồng hành) là 35 đồng/m³.

Khung mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản khác theo Biểu khung mức phí ban hành kèm theo Nghị định này.

Mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản tận thu bằng 60% mức phí của loại khoáng sản tương ứng quy định tại Biểu mức thu ban hành kèm theo Nghị định này.

Căn cứ mức phí quy định tại Biểu khung mức phí, Hội đồng nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quyết định cụ thể mức thu phí bảo vệ môi trường đối với từng loại khoáng sản áp dụng tại địa phương cho phù hợp với tình hình thực tế trong từng thời kỳ.

Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, không kể dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách địa phương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản theo Luật bảo vệ môi trường và Luật ngân sách nhà nước, theo các nội dung cụ thể như: Phòng ngừa và hạn chế các tác động xấu đối với môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản; khắc phục suy thoái, ô nhiễm môi trường do hoạt động khai thác khoáng sản gây ra; giữ gìn vệ sinh, bảo vệ và tái tạo cảnh quan môi trường tại địa phương có hoạt động khai thác khoáng sản.

Phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách trung ương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường theo quy định của Luật Bảo vệ môi trường và Luật Ngân sách nhà nước.