Sau này, trên con đường nam tiến, có được dịp may, Lê Quý Đôn trở thành người có công đầu tiên nghiên cứu về xứ đàng trong. Phủ biên tạp lục là tập bút ký của Lê Quý Đôn viết về đàng trong, nhất là xứ Thuận và xứ Quảng từ thế kỷ XVIII trở về trước. Theo sử sách ghi lại, vào năm 1776, khi được cử làm Hiệp trấn Thuận Hóa, ông đã bắt tay vào việc nghiên cứu tìm hiểu phong tục, vật sản, di tích… của xứ đàng trong. Chuyện chép rằng: Khi có người đến than phiền với ông là quan lại trong làng xã bắt phải nộp thuế sơn đầu, chưa hiểu sơn đầu là gì, ông liền mời người đó vào dinh để tìm hiểu cặn kẽ, hiểu đến đâu ông ghi chép đến đó, sau đó ông trực tiếp đến tận nơi quan sát đặc sản này. Trong vòng sáu tháng, Lê Quý Đôn đã hoàn thành bộ sách Phủ biên tạp lục. Tiến sĩ Ngô Thì Sĩ đã nhận xét: "Sách này chép về hai xứ Thuận Hóa, Quảng Nam, ghi rõ núi sông, thành ấp, ngạch lính, thuế má, nhân tài, sản vật cùng các đời chúa Nguyễn với việc đánh dẹp, đóng quân rõ ràng như những ngón tay trên bàn tay…".

Các sử gia viết rằng: Ngày nay, đọc lại tác phẩm của ông, trong phần tựa, chúng ta càng hiểu tấm lòng của ông khi lao vào công việc nặng nhọc này. Lê Quý Đôn khiêm tốn: "Nhân tôi đi dạo núi sông, hỏi xem di tích, xem xét lệ cũ, tìm kiếm nhân tài, tùy bút chép ra thành quyển, gọi là Phủ biên tạp lục". Thế nhưng, đọc lại những trang viết mô tả chi tiết và chính xác về hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa trong Phủ biên tạp lục có người đã thốt lên rằng, có thể do Lê Quý Đôn quá hiểu bản chất và tính cách người Trung Hoa nên ông đã tiên đoán gần 300 năm sau thế sự "nước lớn, nước nhỏ" sẽ diễn ra, ông đã sớm khẳng định chủ quyền của Đại Việt với hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Xưa, sử Tàu ghi rõ, Trung Quốc gồm chín châu thời Hạ Vũ, hợp thành quốc gia Đại Thanh rộng lớn. Lê Quý Đôn từng đi sứ Trung Quốc, thơ ông cũng đã từng khảng khái:

"Bờ cõi cần chi siêng mở thế

Nghiêu - Thuấn ngày xưa chỉ chín châu"

Cũng trong Phủ biên tạp lục, Lê Quý Đôn đã từng vui sướng ghi lại rằng: Tôi đã từng thấy một đạo công văn của quan chính đường huyện Văn Xương, Quỳnh Châu (đảo Hải Nam) gửi cho Thuận Hóa, nói rằng: "Năm Càn Long thứ 18, có 10 tên quân nhân xã An Vĩnh, đội cất liên huyện Chương Nghĩa, phủ Quảng Nghĩa, nước An Nam ngày tháng 7 đến vạn lý Trường Sa tìm kiếm các thứ, có 8 tên lên bờ tìm kiếm, chỉ để lại hai tên giữ thuyền, bị gió đứt dây thuyền, dạt vào Thanh Lan cảng (Hải Nam), quan ở đây xét thực, đưa trả về nguyên quán. Nguyễn Phúc Chu sai cai bạ Thuận Hóa là Thức Lượng hầu tâm thư trả lời". Khi chuẩn bị tư liệu viết quyển bốn Phủ biên tạp lục, Lê Quý Đôn đã biết thêm về đội Hoàng Sa mà nhà Nguyễn đặt ra là lấy người ở xã An Vĩnh, huyện Bình Sơn, phủ Quảng Ngãi. Trong một lần đi kinh lý về vùng này, Lê Quý Đôn đã tìm gặp những người trước đây đã được tham gia đội Hoàng Sa và được họ kể cho nghe những điều lý thú. Ông chép: "Phủ Quảng Ngãi, ở cửa biển xã An Vĩnh, huyện Bình Sơn có núi gọi là cù lao Ré, rộng hơn ba mươi dặm, trước có phường Tứ Chính, dân cư trồng đậu, ra biển bốn canh thì đến. Phía ngoài nữa lại có đảo Đại Trường Sa, trước kia nhiều hải vật và những hóa vật bị đắm, nhà Nguyễn lập đội Hoàng Sa để đi lấy, đi ba ngày đêm thì mới đến, là chỗ gần xứ Bắc Hải (đảo Hải Nam). Ghi chép của Lê Quý Đôn về cách khai thác của chúa Nguyễn ở Hoàng Sa, Trường Sa rất tỷ mỷ: "Các thuyền ngoại phiên bị bão thường đậu ở đảo này. Trước họ Nguyễn đặt đội Hoàng Sa 70 suất, lấy người xã An Vĩnh xung vào, cắt phiên mỗi năm cứ tháng hai nhận giấy sai đi, mang lương ăn đủ sáu tháng, đi bằng năm chiếc thuyền nhỏ ra biển ba ngày ba đêm thì đến đảo ấy… Khi về qua cửa Eo đến thành Phú Xuân nộp các thứ lấy được, các quan cân định hạng xong quyết định thứ gì phải nộp, thứ gì cho đem bán, cuối cùng là phát bằng khen…". Những cái tên Hoàng Sa, Bãi cát vàng, Vạn lý Trường Sa… mà Lê Quý Đôn đã dày công miêu tả, ghi chép, mặc nhiên khách quan, vô tư, ông đã khẳng định hai quần đảo này là của quốc gia Đại Việt. Hơn thế, ông đã trích yếu công văn của quan chính đường huyện Văn Xương, Quỳnh Châu (đảo Hải Nam) gửi cho Thuận Hóa là chứng cứ thừa nhận của triều đình nhà Thanh đối với chủ quyền hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa của Đại Việt cách nay hơn 200 năm. Ngày nay, bằng phương pháp quan sát từ vệ tinh, chúng ta có thể nhìn toàn diện hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa, chúng ta không khỏi ngạc nhiên về độ miêu tả chính xác trong Phủ biên tạp lục, ta có thể hoài nghi liệu Lê Quý Đôn đã đặt chân lên hai quần đảo này chưa? Nếu đã đặt chân thì ông đến bằng cách nào? Bây giờ, có người sau khi xem triển lãm đồ bản về Hoàng Sa và Trường Sa đã thốt lên: Đúng như dân gian truyền tụng "Thiên hạ vô tri vấn Bảng Đôn"!

Khi viết Lê triều thông sử, ông chủ trương: "Phép làm sử là phải nhặt đủ không bỏ sót, để cho người ta sau khi mở sách ra xem rõ được manh mối, biết được đầu đuôi, tuy không tận mắt thấy tai nghe mà rõ ràng như chính mình được thấy". Tác phẩm giới thiệu về núi sông, thành quách, phong thổ, nhân vật của xứ Thuận Hóa và cho biết danh số các phủ huyện, tổng, xã, thôn của xứ Thuận và xứ Quảng lúc đó. Phủ biên tạp lục cung cấp nhiều tài liệu về chế độ ruộng đất, thuế khóa, chế độ trưng bình, binh chế của xã hội đàng trong từ thế kỷ XVIII trở về trước. Tác phẩm được chia làm 6 phần (6 quyển): Quyển I. Sự tích khai thiết khôi phục hai xứ Thuận Hóa và Quảng Nam. Danh số phủ, huyện, tổng, xã, thôn, trang trại hai xứ Thuận Hóa và Quảng Nam; Quyển II. Hình thế núi sông, thành lũy, trị sở, đường sá, bến đò, nhà trạm hai xứ Thuận Hóa và Quảng Nam; Quyển III. Số ngạch công tư điền trang và hoa châu, lệ cũ và tổng số thóc gạo trưng thu ở hai xứ Thuận Hóa và Quảng Nam. Lệ cũ và quan thuộc chức thủ các ty trấn dinh và về thi cử ở hai xứ Thuận Hóa và Quảng Nam. Lệ cũ và tổng số về số ngạch nhân đinh, duyệt tuyển các hạng, kén chọn lĩnh hạng, chia đặt quân hiệu ở hai xứ Thuận Hóa và Quảng Nam. Quyển IV. Lệ thuế đầu nguồn, tuần tu, đầm, hồ, chợ đò, thuế vàng bạc đồng sắt và lệ vận tải ở hai xứ Thuận Hóa và Quảng Nam; Quyển V. Nhân tài, thơ văn. Quyển VI. Vật sản, phong tục. Lê Quý Đôn viết về cảnh trao đổi hàng hóa ở Hội An: "Thuyền từ Sơn Nam về chỉ mua được một thứ củ nâu, từ Thuận Hóa về chỉ mua được hồ tiêu, còn từ Quảng Nam Hội An về thì mua hàng hóa không thứ gì mà không có. Phàm hóa vật sản xuất ở các phủ Thăng Hoa, Điện Bàn, Quảng Ngãi, Quy Nhơn, Bình Khang và Nha Trang, đường thủy bộ, đi thuyền đi ngựa đều hội tụ ở phố Hội An. Trước đây hàng hóa nhiều lắm, dù một trăm chiếc tàu to chở một lúc cũng không hết". Về xứ Mô Xoài, nay thuộc tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu, ông viết: "Đời trước lập Gia Định, tất trước mở xứ Đồng Nai để cho quân dân hoàn tụ rồi mới mở xứ Sài Gòn… Nay đất cũ tự Mô Xoài đến Sài Gòn đường đi hai ngày… Phủ Gia Định, đất Đồng Nai từ các biển Cần Giờ, Soài Lạp, Cửa Đại, Cửa Tiểu toàn là rừng rậm hàng mấy nghìn dặm, họ Nguyễn chiêu mộ những dân có vật lực ở xứ Quảng Nam, các phủ Điện Bàn, Quảng Ngãi, Quy Nhơn cho dời tới đây, phát chặt mở mang, hết thảy đều bằng phẳng, đất nước màu mỡ, cho dân tự chiếm, trồng cau, làm nhà cửa… Đất ấy nhiều ngòi lạch, đường nước như mắc cửi, không tiện đi bộ. Người buôn chở thuyền lớn thì tất đèo theo xuồng nhỏ để thông đi các kênh. Từ cửa biển đến đầu nguồn đi 6 - 7 ngày hết thảy là đồng, nhìn bát ngát, ruộng phẳng như thế đấy rất hợp trồng lúa, lúa nếp, lúa tẻ đều trắng dẻo".

Lê Quý Đôn còn để lại một số văn thơ về xứ Thanh, chẳng hạn ở động Từ Thức, một thắng cảnh thuộc xã Nga Thiện, huyện Nga Sơn còn giữ được tấm bia khắc bài thơ chữ Hán rất nổi tiếng của ông, xưa nay đã được nhiều người dịch, giới thiệu trên các sách báo. Khi đến khảo sát di tích Quận công Lê Đình Châu ở xã Ngọc Lĩnh, huyện Tĩnh Gia, các nhà sử học tìm thấy một tấm bia bốn mặt, gồm 1.431 chữ, văn bia do Bảng nhãn Lê Quý Đôn soạn vào năm Cảnh Hưng thứ 40 (1779), nội dung nói về nhân vật lịch sử Lê Đình Châu, người xã Ngọc Lĩnh, huyện Tĩnh Gia, sống vào khoảng cuối thế kỷ XVIII, là một trong số đại thần đầu triều thời Lê Trịnh. Văn bia chia làm hai phần, phần trên nói về tiểu sử, công đức đối với đất nước, quê hương, làng xã của Quận công Lê Đình Châu, mối quan hệ giữa ông này với tác giả và lý do dựng bia, lập sinh từ; phần hai ghi tiền ruộng và quy ước tế lễ, thờ cúng của 6 thôn 3 xã ở Tĩnh Gia (Thanh Hóa). Người đời tặng cho ông lời ca tụng: "Thiên hạ vô tri vấn Bảng Đôn" quả không sai!

(Còn nữa)
Quang Viện