Lại nhắc tới thân phụ Lê Quý Đôn, về nghỉ trí sĩ lần hai của Lê Trọng Thứ chỉ giúp ông sống yên hàn ở làng quê được hơn tám năm nữa. Nhưng những tháng ngày ở quê ông vẫn đau đáu nỗi lòng với đất nước. Sử cũ ghi: Tháng hai năm Tân Sửu, niên hiệu Cảnh Hưng thứ 42 (1781), nhân chuyến lên kinh để chúc thọ vua Lê Hiển Tông, Lê Trọng Thứ đã cùng một số cựu thần văn võ lập ra "Phụng thành thập lục lão hội". Thành lập hội được chưa đầy một năm thì "lão thần" Lê Trọng Thứ qua đời. Lê Trọng Thứ "ra đi" để lại bộ sách "Trúc am thi tập, Trúc am văn tập và Lê Công khải sự cảnh hàn lục". Lê Trọng Thứ về với tiên tổ, sông núi ngàn năm được triều đình truy tặng hàm Thái bảo, tước Hà quận công, tên thụy là Trung Hiến. Triều đình Lê - Trịnh đã cho phối thờ làm phúc thần.

Hai vì sao sáng trong triều đình vua Lê - chúa Trịnh bây giờ một đã ngừng tỏa ánh hào quang, chỉ còn lại một mình Lê Quý Đôn bước đi tiếp chặng đường mà người cha kính yêu đã từng kỳ vọng ở ông. Trong bài thơ "Thành cổ lộng" ông đã viết:

"Thành hoang tường đổ đã bốn trăm năm,

Dây dưa, dây đậu leo quấn xanh tốt.

Sóng biếc đã rửa sạch nỗi hận cho vua Trần,

Cỏ xanh khó che lấp sự hổ thẹn của Mộc Thạnh.

Sau trận mưa bò vàng cầy bật gươm cũ,

Dưới trăng chim lạnh kêu bên lầu tàn.

Bờ cõi cần gì phải mở rộng mãi,

Đời Nghiêu Thuấn xưa chỉ có chín châu thôi".

Các nguồn sử cũ đều ghi Lê Quý Đôn được bổ làm Thị thư ở Viện hàn lâm rồi làm ở Ban toản tu quốc sử, sau đó được cử đi điều tra trấn Sơn Nam rồi biệt phái sang phủ chúa. Năm 1757 được thăng chức Thị giảng Viện hàn lâm, năm 1760 khi vua Lê Ý Tông mất ông được cử làm phó sứ cùng Trần Huy Mật cầm đầu phái đoàn sang Trung Quốc báo tang. Điều đáng kể trong chuyến đi này là khi về đến Quế Lâm, ông đã viết thư cho quan đầu tỉnh Quảng Tây phản đối việc Thanh triều dùng chữ "di quan" (quan lại mọi rợ) để gọi sứ bộ ta trên văn thư của họ. Trước sự ngoại giao ứng đối, biện bác sắc sảo, nhà Thanh phải chấp nhận đề nghị của ông, ra thông báo cho các địa phương Trung Quốc khi nói về sứ bộ của nước ta phải dùng bốn chữ "An Nam cống sứ". 165 năm sau ngày mất của Lê Quý Đôn, Giáo sư Nguyễn Lộc nhận xét: "Lê Quý Đôn là một nhà bác học có kiến thức hết sức uyên bác và đa dạng. Có thể nói, ông là người đã thâu tóm được mọi mặt tri thức của thời đại lúc bấy giờ. Căn cứ vào những tác phẩm nghiên cứu về lịch sử rất có giá trị của ông như Đại Việt thông sử, Phủ biên tạp lục, Kiến văn tiểu lục, Bắc sứ thông lục v.v…, hoàn toàn chúng ta có thể gọi ông là nhà sử học. Căn cứ vào những tác phẩm, nghiên cứu về triết học cũng không kém giá trị của ông như Kinh thư diễn nghĩa, Dịch kinh phu thuyết, Xuân Thu lược luận, Quần thư khảo biện v.v…, hoàn toàn có thể gọi Lê Quý Đôn là nhà triết học. Căn cứ vào những sáng tác và công trình biên soạn rất công phu của ông như Toàn Việt thi lục, Hoàng việt văn hải, Quế đường thi tập, Quế văn tập v.v… hoàn toàn có thể gọi Lê Quý Đôn là nhà hoạt động văn học. Và căn cứ vào những tri thức được phản ánh trong các công trình trước tác khác của ông, nhất là trong bộ Vân đài loại ngữ, còn có thể gọi ông là nhà chính trị học, nhà kinh tế học, nhà xã hội học, nhà nông học, nhà địa lý học, nhà ngôn ngữ học v.v... Nhiều nhận xét trong các nghiên cứu của các sử gia cho rằng: Số lượng tác phẩm của ông có trên 40 bộ, bao gồm hàng trăm quyển để lại cho đời sau nhưng qua binh lửa, chiến tranh, loạn lạc, nay chỉ còn lại không quá một nửa. Học trò ông là Tiến sĩ Bùi Huy Bích nhận xét về thầy mình: "Thông minh nhất đời, học rộng các sách, soạn ra văn chương đủ dạy đời và lưu truyền về sau, nước ta trong vài trăm năm nay mới có một người như thầy". Dù được người đương thời ca ngợi không tiếc lời nhưng lúc nào ông cũng khiêm tốn học hỏi. Trong lời tựa Dịch kinh phu thuyết, ông viết: "Tôi ngu hèn học kém, kính đọc lời dạy của thánh nhân, nghiên cứu truyện nghĩa của họ Trình họ Chu, xét thêm những lời chú thích của tiên nho, có khi xúc động mà phát minh ra, nói thêm mấy lời, tất cả 5 quyển chỉ cốt để sửa lấy tấm thân cho được ít lỗi lầm, còn như đem thi thố ra sự nghiệp thì đâu dám nói đến". Hoặc trong lời tựa của Kinh thư diễn nghĩa, ông cho biết: "Tôi thật ngu lậu, nghiền ngẫm lâu năm, hiểu qua nghĩa lớn, mỗi khi đọc thấy ý vị dạt dào, lý thú vô cùng, chỗ nào xúc động mà phát minh thì tùy bút chép ra, trưng dẫn các truyện ký, bàn bạc việc xưa nay, đều là muốn làm ẩn chứng cho sách của thánh nhân".

Cuộc đời thăng trầm của Lê Quý Đôn cùng với những ghi chép, biên soạn, trước tác là một tài sản trí tuệ vô giá giúp ích cho muôn đời. Không những thế, đời thường ông cũng không từ nan một việc gì nếu có lợi cho dân, cho nước. Tương truyền có lần sứ nhà Thanh gửi thông điệp cho nước ta vỏn vẹn chỉ có một chữ, không ai hiểu họ muốn nói điều gì. Triều đình phải mời Lê Quý Đôn vào, đọc xong chữ ấy, ông tâu vua gửi cho họ một tấm "áo cầu" (áo làm bằng da sang trọng). Không một ai trong triều hiểu tại sao phải làm như thế nhưng vẫn tuân theo hướng dẫn của ông. Quả nhiên, khi nhận được áo, sứ nhà Thanh đến ngay. Vua liền cử ông ra tiếp. Ông viết bốn chữ: Phi xa bất đông, nghĩa là: Không phải chữ xa (xe) cũng không phải chữ đông (phía đông). Sứ nhà Thanh đọc xong bốn chữ ấy vội vàng trả lại áo rồi vái bốn vái. Đến lúc này mọi người mới vỡ lẽ ra rằng, sứ nhà Thanh viết không phải chữ xa, cũng chẳng giống chữ đông là lấy tích trong câu thơ của Mao Khâu: "Hồ cừu mung lung, phi xa bất đông, thúc hề bá hề, thực bất dữ đông", nghĩa là: "Áo rách tứ tung, đánh xe qua đông, anh em chẳng tới, mà giúp nhau cùng". Hóa ra sứ nhà Thanh muốn ngụ ý họ không có áo đại lễ nên không dám đến. Đó là nội dung bức thư có tính chất ngoại giao, thế mà Lê Quý Đôn đã giải được. Cả triều đình thở phào nhẹ nhõm còn sứ nhà Thanh khâm phục nước ta có người tài giỏi.

Triều chính vua Lê - chúa Trịnh lung lay, loạn lạc ngày càng lan rộng, triều đình Lê - Trịnh phải huy động hầu hết các văn thần, võ tướng cầm đầu các đạo quân đi đánh dẹp. Năm Kỷ Sửu 1769, đang là quan văn, Lê Quý Đôn được gọi xung vào đội quân đó. Ông, với tư cách là Tán lý quân vụ cùng Phan phái hầu lĩnh quân đi đánh dẹp bộ tướng của Lê Duy Mật là Lê Đình Bản. Rồi năm sau đó, ông thống lĩnh gần một vạn quân vào Thanh Hóa dẹp nghĩa quân của Lê Duy Mật. Kết cục, Lê Duy Mật cùng quẫn phải tự tử, Lê Đình Bản đầu hàng. Trước đây, Lê Quý Đôn cũng đã một lần được gọi đi dẹp cuộc khởi nghĩa của Hoàng Công Chất. Cả hai lần ông đều có công với triều đình, tuy nhiên, theo các nhà nghiên cứu sử học thì đây lại là tì vết đối với chân dung Lê Quý Đôn. Cũng theo các sử gia, cần xem xét việc làm này ở hai khía cạnh, một là trong lúc triều chính ngả nghiêng, gần sụp đổ, cả vua Lê chúa Trịnh đều phải thân chinh ra trận, các hạng mục quan lại trong triều đều phải ra tay chèo chống thì bản thân một quan đại thần như Lê Quý Đôn không thể "tọa thị điềm nhiên" đứng ngoài cuộc được. Có ý kiến truy vấn ông khi thấy triều đình phong kiến Lê - Trịnh thối nát sao không từ quan trí sĩ? Với những tư liệu ghi chép của ông, chúng ta nhận thấy, ông đã từng có thời gian dài sống ở quê nghèo viết sách, thời gian cho ông cảm nhận hết nỗi cơ cực của người dân quê dưới chế độ phong kiến. Và vì thế, ông không thể quay lưng với thời cuộc vì còn canh cánh nỗi thương dân. Chính trong những lần đi dẹp loạn ấy, Lê Quý Đôn đã nhận thấy rõ căn nguyên của những cuộc khởi nghĩa kia là "do sự hà khắc, thuế khóa nặng nề, binh cách quá nhiều, hình phạt phiền phức, quan lại tham nhũng, trăm họ phiêu bạt, lại thêm hạn hán, lụt lội, đói khát làm cho dân xơ xác "đói ăn vụng, túng làm liều" nên nỗi không sống nổi thì đi làm giặc!" (ghi trong Quần thư khảo biện). Rồi ông lại tấu sớ dâng triều đình tìm kế sách đem lại ấm no cho dân nhưng những sớ tấu của ông không được đả động đến vì thái độ ươn hèn, thối nát của triều chính lúc bấy giờ.

Cuối đời, ông vẫn long đong điền đạc, dâng sớ cách chức nhiều tên quan ô lại. Có thể sau những lần điền đạc ấy, ông được chúa Trịnh Sâm tiến cử giữ chức Hiệp trấn, Tham tán quân cơ. Chính tại miền đất Thuận Hóa này, chỉ trong sáu tháng, Lê Quý Đôn vừa phải lo sắp xếp, tổ chức lại bộ máy hành chính, thiết định luật lệ, tổ chức sản xuất, phát triển kinh tế, mở mang việc học hành, ổn định đời sống xã hội cho nhân dân Thuận - Quảng vừa phải ngày đêm viết xong bộ sử Phủ biên tạp lục, một bộ sách có giá trị về đàng trong mà trước ông, ít người để ý đến. Cũng trong bộ sử Phủ biên tạp lục, ông có nhắc tới những chính sách bóc lột nhân dân của chúa Nguyễn ở phương Nam, do vậy ông bị thù hằn và ông lại bị… giáng chức. Nhưng không lâu sau, ông lại được sung chức Quốc sử quán tổng tài, được vài năm lại bổ chức Hiệp trấn xứ Nghệ An, rồi không đầy năm ông lại được gọi về triều thăng chức Công bộ thượng thư… Về triều được ít ngày, ông xin về nghỉ tại quê ngoại Duy Tiên (Hà Nam) để dưỡng bệnh. Không ngờ, ở nơi quê, ông đã trút hơi thở cuối cùng vào ngày 14 tháng 4 năm Giáp Thìn (1/6/1784). Thi hài ông được đưa về làng Diên Hà an táng (nay là thôn Đồng Phú, xã Độc Lập, huyện Hưng Hà, tỉnh Thái Bình), chính nơi quê nghèo đã sinh ra và nuôi dưỡng ông trở thành con người kiệt xuất.

Quang Viện